Le 15 novembre 2001, une version de guerre électronique, désignée EA- 18, a fait son premier vol. Il s'agit d'une cellule de Super Hornet dotée du système de mission embarqué du EA-6B Prowler. Boeing a estimé le marché pour cet appareil à 150 à 180 unités rien qu'aux Etats-Unis.
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